Kooperation statt Konfrontation

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Steht eine Betriebsprüfung ins Haus, ist es sinnvoll, sich gut vorzubereiten und mit dem Finanzamt zusammenzuarbeiten.

Von Sabine Hölper, 6/2025

Erfahrene Krimifans wissen: Rache kann ein starkes Motiv sein. Immer wieder ist sie auch Anlass für Betriebsprüfungen, gerade in kleinen Unternehmen, die deutlich seltener im Fokus des Finanzamts stehen als große. „Bei kleinen Unternehmen ist der häufigste Grund für Betriebsprüfungen, dass der frühere Ehepartner den oder die Ex nach einer Scheidung anzeigt“, bestätigt Torsten Ratzke, Inhaber der Steuerberatungsgesellschaft Ratzke Hill PartGmbB in München. Der zweithäufigste Grund seien Anzeigen von gekündigten Beschäftigten.

Doch selbst bei einer glücklichen Ehe und dem Unternehmen wohl gesonnenen Mitarbeitenden: Alle 20 bis 25 Jahre müssen auch kleine Betriebe mit einer Außenprüfung rechnen. Allein das treibt dem einen oder anderen Chef den Schweiß auf die Stirn. „Denn für die Unternehmer ist das größte Problem die Unsicherheit“, sagt Anne-Christina Schulte, Steuerreferentin bei der IHK für München und Oberbayern. „Sie fragen sich: Wann komme ich dran, muss ich nachzahlen, und wenn ja, wie viel?“

Reguläre Prüfung wird angekündigt

Hier kann Schulte zumindest Teilentwarnung geben: „Generell haben Unternehmer, die ihre Steuererklärung jedes Jahr ordnungsgemäß abgeben, nichts zu befürchten.“ Allerdings passierten auch Fehler, oft aus Unwissenheit, „die Unternehmer haben schließlich nicht jeden Paragrafen im Kopf. Und nicht jedes kleine Unternehmen hat einen Steuerberater.“ Darum sei es ratsam zu wissen, was einen erwartet.

Zu unterscheiden sind auf der einen Seite reguläre Steuerprüfungen, die in den Bereichen Einkommens-, Körperschafts-, Gewerbe, Umsatz- und Lohnsteuer vorgenommen werden. Auf der anderen Seite stehen Sonderprüfungen in den Bereichen Umsatz- und Lohnsteuer sowie Kasse. Erstere werden im Regelfall angekündigt, letztere meist nicht.

3 Steuerjahre unter der Lupe 

Wie läuft nun eine Betriebsprüfung ab? Hierbei wertet die Finanzbehörde in den Räumlichkeiten des Selbstständigen oder auch nur digital die Unternehmensdaten der vergangenen Jahre aus. Sie prüft, ob alles ordnungsgemäß verbucht wurde und setzt, falls nicht, Nachzahlungen an.

Wichtig zu wissen: „Die Prüfer sind grundsätzlich dazu angehalten, zu Gunsten des Steuerpflichtigen zu prüfen. Dennoch kann es sein, dass auch Fehler aufgedeckt und Nachforderungen erhoben werden“, so Schulte.

Umso wichtiger sei es, dass Unternehmer ihre Rechte kennen und sich vorbereiten: Eine reguläre Betriebsprüfung soll seit Neuestem in dem Kalenderjahr, das auf jenes folgt, in dem der letzte Steuerbescheid wirksam geworden ist, angekündigt werden. Davon profitieren Unternehmen, die auch steuerlich betreut werden. Beispiel: Die Steuerfestsetzung für das Jahr 2025 erfolgt 2026, dann soll das Finanzamt 2027 eine Prüfungsanordnung erlassen.

Geprüft wird normalerweise der Zeitraum der letzten 3 zusammenhängenden Jahre: in diesem Fall also 2023 bis 2025. Der Prüfungszeitraum kann aber auch länger oder kürzer ausfallen.

Schwerpunkte helfen bei Planung

Die Ankündigung, meist 2 Wochen im Voraus, ermöglicht es dem Unternehmer, noch einmal in Ruhe alle Unterlagen durchzugehen, nachträglich mögliche Ungereimtheiten zu erkennen und gegebenenfalls weitere Papiere zu beschaffen. Er kann sich auf Fragen vorbereiten – und später entsprechend argumentieren. Wer auf Nummer sicher gehen will, kann sich, so Ratzke, die Software „IDEA“ beschaffen, mit der sich die Prüfung simulieren lässt.

Bei der Vorbereitung auf eine Betriebsprüfung hilft auch eine weitere Neuerung: Die Betriebsprüfer können im Voraus Schwerpunkte bekannt geben. „Das hat den klaren Vorteil, dass der Steuerpflichtige die Prüfung gezielter planen und benötigte Unterlagen bereitstellen kann“, sagt Schulte. Im Umkehrschluss bedeutet dies aber nicht, dass dadurch die anderen Sachverhalte ausgeschlossen sind.

Kooperation ist grundsätzlich ratsam; vorauseilender Gehorsam hingegen nicht. Ratzke: „Der Unternehmer sollte dem Finanzamt nicht schon vorab Daten übermitteln.“